財政部北區國稅局表示，依所得稅法第39條第1項規定，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，符合會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得適用盈虧互抵。又所稱「會計帳冊簿據完備」，係指營利事業應依所得稅法第21條規定保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄為要件，若涉及短漏報所得額情節，原則上不得適用盈虧互抵。
       該局舉例說明，Ａ公司係經營國產家用家具零售業，106年度營利事業所得稅結算申報列報全年所得額3,378,000元，並且列報已發生於102年度之虧損3,378,000元予以扣除，最終申報106年度課稅所得額0元，經該局依通報資料查得其102年虧損年度遭查獲銷售家具漏開統一發票，漏報銷貨收入980,000元及漏報所得額980,000元，已不符合所得稅法第39條第1項但書規定，否准自106年度純益額中扣除102年度核定虧損3,378,000元，核定應納稅額574,260元。Ａ公司不服，主張102年度雖有違章事實，但不准盈虧互抵不合常理，仍請准予扣除云云，申經復查及提起訴願均未獲變更，仍有不服，提起行政訴訟，經臺北高等行政法院以國稅局依查得資料認定A公司102年度之發票憑證及收入帳載缺漏不完備且不正確，並未據實申報，且Ａ公司102年度之會計帳證在形式上不完備，並且其短漏報情節非屬輕微，尚無財政部85年10月2日台財稅第851918086號函釋放寬認定及所得稅法第39條第1項但書規定盈虧互抵等適用，予以駁回確定在案。
       該局提醒，營利事業適用盈虧互抵規定，申報扣除前10年核定虧損時，應注意符合所得稅法規定適用要件，以免因不符合規定而遭補稅及加計利息。

(資料來源:北區國稅局)