為強化自由貿易港區(下稱自由港區)貨物管控機制並達簡政便民效果，財政部於109年10月16日修正發布「自由貿易港區貨物通關管理辦法」，精進自由港區管理措施。
財政部關務署說明，本次修法重點為簡政便民、便捷通關及強化貨物管控三大目標，為利業者適用新規定，該署提醒相關注意事項，保障業者權益:
一、考量三角貿易拆櫃成本並利自由港區發展，港區事業符合成立1年以上、申請前1年內，依自由貿易港區設置管理條例核處罰鍰未逾3次且未經停止進儲貨物等條件，得向海關申請免拆櫃進倉，以原進儲貨櫃存儲於港區事業之露天處所儲位。為利業者申請作業，該署已於保稅智慧服務平臺建置線上申請系統，節省業者時間成本。
二、港區事業委託課稅區或保稅區進行加工、修理、檢驗、測試作業，僅須將變更後之單位用料清表送海關備查，毋須再送審查，便捷貨物通關。
三、港區事業應遵守產地標示規範，倘發現進儲之貨物原產地標示明顯不符，應主動通報海關，以共同防範違規轉運。
    海關持續配合自由港區採高度自主管理及低度行政干預，創造業者利基，為維自由港區通關秩序，關務署呼籲業者務必遵循守法義務，共同提升自由港區經濟發展。